סוגיית ניכוי הפחת בעת חישוב מס השבח במכירת נכסי מקרקעין מעסיקה בשנים האחרונות לא אחת את הנישומים, הרשויות ובתיה"מ, ואף במסגרת טור זה התייחסנו לכך בעבר. ניכוי פחת משווי הרכישה של הנכס, מקטין למעשה את העלות, וכתוצאה מכך מגדיל את השבח ואת מס השבח, ועל כן מתעוררת השאלה אימתי ינוכה פחת בעת חישוב מס השבח – האם הפחת ינוכה בהתאם לאופן בו נוכה בפועל במס הכנסה או שמא יש לנכותו אם ניתן היה לניכוי ואף אם לא נוכה בפועל.
בעבר נפסק ע"י ועדת הערר בעניינה של יהודית שינפוקס (וע 1026/00) כי יש לנכות במס שבח את הפחת שהיה ניתן לנכות במס הכנסה גם אם לא נוכה בפועל. אנו סבורים כי פסיקה זו עומדת בניגוד לתכליתו של חוק מיסוי מקרקעין למסות אך ורק את השבח האמיתי, ואנו סבורים כי אין בה כדי לשקף את הדין כיום, לאחר פסיקה כדוגמת סלון מרכזי ובייחוד לאור פסיקה מהעת האחרונה כמפורט להלן.
בפני ועדת הערר שליד ביה"מ המחוזי בירושלים נדונה בו"ע 3003/09 סוגיה של חישוב השבח במכירת מקרקעין ע"י האוניברסיטה העברית. כמלכ"ר, האוניברסיטה פטורה ממס הכנסה, ועל כן ממילא אינה יכולה ליהנות מהפחת בחישוב הכנסתה השוטפת. עם זאת, עמדת רשויות מיסוי מקרקעין היתה כי קיימת זכאות עקרונית לניכוי הפחת, אף אם אינו מפחית בפועל את ההכנסה החייבת ועל כן יש להפחיתו בעת חישוב השבח. האוניברסיטה העברית, שיוצגה ע"י עו"ד אופיר סעדון, הגישה ערר לועדת הערר, והתיק הסתיים בהסכמה שקיבלה תוקף של פסק דין מיו 23.2.10 לפיה לא ינוכה פחת.
אם לא די בכך, לדעתנו פסק דינו של ביה"מ העליון מ – 21.2.10 בעניין מודול בטון, חותם את הגולל על הלכת שיינפוקס. בעניין מודול בטון נקבע כי חברה אינה חייבת לקזז הפסד רגיל מול הכנסה מועדפת (הזכאית לפטור לפי חוק עידוד השקעות הון). ביה"מ דחה את עמדת רשות המיסים שהיתה כי יש לקזז, אף אם הקיזוז אינו מוביל לחיסכון אמיתי (אלא תיאורטי בלבד) במס הכנסה. הלכה זו, מבית מדרשו של ביה"מ העליון, מהווה הלכה מחייבת, ויש להחילה גם ביחס לסוגיית ניכוי הפחת, שכן הגיונם של הדברים זהה לחלוטין.
כפועל יוצא, הגיעה העת גם להכריז על בטלותה של הוראת הביצוע של רשות המיסים מס' 5/07 הקובעת כי ינוכה פחת בעת חישוב השבח במכירת דירת מגורים שהושכרה בהשכרה פטורה ממס. פחת אינו חוסך מס בהשכרה פטורה (כפי שאינו חוסך מס למלכ"ר וכפי שהפסדים אינם חוסכים מס כנגד הכנסה פטורה) וכפועל יוצא אין מקום לנכות פחת בחישוב השבח.
In the Media 
